Kakaroto,
Me parece que hay dos posibilidades que, sin embargo, convergen a un mismo problema: checa que evento es el que se esta disparando.
La primer razon por la que el evento se dispare, los hilos. Como sabes, Windows es un sistema orientado a eventos, que para su buen funcionamiento requieren los multihilos. Asi que asegurate que no tienes timers corriendo de fondo, o alguna otra aplicacion cuyos eventos disparados pudieran afectar a la tuya (como eventos WM_PAINT).
La segunda opcion es que se te disparan los eventos que no deberian. Es decir, cuando corres en modo de debug, no todos los eventos que se disparan son los mismos que los eventos cuando se corren de manera normal (como por ejemplo, los mensajes de Windows WM_PAINT de redibujado). Presta especial atencion a tipo de eventos donde se pudiera dar el caso, como Form_Activate, Text1.SetFocus, etc.
A mi me paso lo mismo, y el problema radicaba en que en debug, NUNCA se disparaba Form_Activate, mientras que en forma normal si. Lo corregi una vez que me percate de este asunto.
Un saludo.
