Hace mucho tiempo hice algo similar a lo que estas preguntando, sucede que en el servidor unix hice un especie de archivo batch, que ejecutaba todos los comandos de la conexión, como si te estubieras conectandote manualmente, ahi en ese archivo puse todos los comandos que queria ejecutar, esto es, conectarme por medio de mi clave, copiar archivos, cambiarme de directorio, en fin todo lo que queria, si mas no recuerdo esto esta en el manual de TCP/IP de Unix, ahi te dice como deben ser los comandos.