Hola Marco,
los programas cobol están en una librería en concreto dentro de un servidor (DB2, AS400, etc..). Para estos servidores, un programa se guarda en una librería al igual que las tablas, de hecho las tablas las puedes ver como ficheros. Por lo tanto, al igual que te puedes conectar mediante odbc a las tablas creando un dsn, también te puedes conectar a la librería donde está el programa cobol mediante odbc y después llamar al programa como si fuera un store procedure, aunque yo no sé como se llama a un store procedure que será lo que tengas que averiguar si tu tampoco sabes como hacerlo.
saludos