En plataformas Win9x lo puedes hacer con la API RegisterServiceProcess, en Win2K, NT y XP no funciona. Lo que puedes hacer es bien desarrollar un servicio y que corra como proceso crítico para que no lo puedan terminar (bastante complejo desde VB) o bien restringir el acceso al administrador de tareas. Lo puedes hacer con el PolEdit o en la registry en la rama:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System
El valor DisableTaskMgr en 1. Con esto no pueden ingresar al administrador de tareas.