Visual Basic - Problema Instaladores

Compañeros el problema es el siguiente.

Estoy Creando los instaladores pero tengo la informacion organizada en carpetas, por ejemplo un directorio principal y dentro de este dos carpetas formularios y reportes.

Cuando creo los instaladores toda la informacion de esas carpetas aparece en una unica carpeta como hago para que me respete la estructura del directorio.

Gracias de Antemano.

En el asistente para empaquetado, llega un momento en el que te pregunta Ubicaciones de Instalación.
Seguramente todos esos archivos que has metido, te vienen con la siguiente ubicacion de instalación: $(AppPath)
Lo único que tienes que hacer es poner $(AppPath)\NombreDirectorio
Y te lo instalará en el subdirectorio "NombreDirectorio" del directorio de la aplicación.