Visual Basic - Ejecutar programa sin interferencias

Si un programa realizado en Visual Basic recoge el tiempo de respuesta desde que se presenta un estímulo hasta que se pulsa un botón con el ratón hay un cierto error si recogemos el tiempo en msgs, ya que windows interfiere en la ejecución de este programa.

Quedría saber si hay algún modo de conseguir que únicamente esté activo el programa en Visual Basic que recoge el tiempo y que el resto de programas se detengan por un instante para que no produzcan interferencias. Es decir, que desde que se presenta el estímula hasta que se pulsa el botón, se paralicen todos los programas excepto el que recoge el tiempo de respuesta.

Gracias por la ayuda.