Mara, los windows en cualquyiera de sus formas, menus, forms, tooltips, controles, etc, todos dependen de una posición zOrder que está dada por el sistema
En el caso de los TopMost que es lo que te interesa, todas los Windows que tengan esta propiedad establecida, podrán ponerse por sobre otro windows topmost y obviamente ppor sobre los nonTopMost, no hay forma de que lo evites. en el caso del menu Windows tenés un exelente, ejemplo, no puede ser solapado este menú por ninguna ventana. Es por eso que muchos programadores para hacer restricciones de accesos a la Pc utilizan la API SetParameterInfo para evitar el evento al pulsar la tecla Win y CTL ALT DEL
Quizás esta sea una solución para tu problema, ya que SetParameterInfo simula la activación del ScreenSave y no permite la activación de ninguna ventana emergente.
Mucha suerte.