Si, si la puedes ejecutar, prueba este codigo, si no funciona te puedo mandar el ejemplo, saludos...
Private Sub cmdEjecutar_Click()
Dim objArchivoXls As Object
Dim co1 As Integer
Dim intUltimo As Long
'Verifico que exista el archivo
If Len(Dir(App.Path & "\Temporal.xls")) > 0 Then
'Creo una instancia del archivo de Excel
Set objArchivoXls = GetObject(App.Path & "\Temporal.xls")
'objArchivoXls.Visible = True
With objArchivoXls.ActiveSheet
'Muestro el libro, por si esta oculta
'.Parent.Windows("Temporal.xls").Visible = True
'Ejecutamos la macro prueba en ese libro
.Parent.Application.Run "Prueba"
End With
'Guardamos el archivo
objArchivoXls.Save 'App.Path & "\Temporal.xls"
'Liberamos la memoria
Set objArchivoXls = Nothing
MsgBox "Proceso terminado"
Else
MsgBox "Archivo no existe"
End If
End Sub