Los instaladores que crea Visual Basic tienen errores. Necesitas tener instalado el SP3 o posterior, y ademas te recomiendo generar los instaladores con Visual Studio Installer 1.1, el cual te genera programas setup con extension MSI, que Windows 2000 y Windows 98 con Internet Explorer 5.0 reconocen perfectamente.
Para que te des una idea, Office 2000, Encarta 2001, y la mayoria de los programas actuales de Microsoft, estan creados con este tipo de instaladores.