desde el Asistente para empaquetado y distribución de visual basic que se encuentra en "Herramientas de microsoft visual estudio" (si lo tienes instalado) selecionas un proyecto y le das al boton "Empaquetar" y sigues las instruciones, este te genera un archivo Setup y los archivos que necesite dependiendo de la aplicación, estos despues los pasas a un CD, si lo que quieres es que al insertar el disco aparesca el setup automaticamente debes hacer un autorun.inf (creo que el asistente no lo genera) lo haces en el block de notas y pones "open=setup.exe" (o el que vaya a iniciar).