Webmaster - Depuración Servidor WEB - Archivos "inservibles"

Saludos amigos.... la página web que administro tiene una gran cantidad de links a archivos .xls, .pdf o .doc. A la actualidad se han acumulado archivos que ya no estan publicados y necesito ayuda para poder depurar los archivos que no son destino de algun link y si es posible saber que links no tienen un archivo destino existente.
Quisiera saber si existe alguna herramienta que me pueda ayudar con la "limpieza" de mi servidor web.
Gracias.