Webservices (soap,rest,...) - Certificado Autofirmados en Web Services

Buenos días!
Tengo un problema que no puedo solucionarlo y es el siguiente:
Monté un servidor con Windows Server 2012, IIS 8 y SSL (https). El acceso al WS es con certificado y si no lo tiene, muestra pantalla de error.
El problema es que cuando se accede al servidor vía browser, me muestra una ventanita de selección de certificado y yo no quiero eso, porque los programas que acceden a ese WS no tienen la posibilidad de "seleccionar" el certificado.
Hay alguna forma de indicarle al IIS el certificado que tiene que tomar? O que lo haga de forma implícita? O instalar el certificado en otro lado que no sea Personal o Entidades de confianza.

Gracias y saludos!