Hola Alberto,
Sí, es posible utilizar las funciones de API de windows.
WinBatch ya posee funciones específicas que manejan utilizan el API de windows de una forma muy sencilla a través de sus 'extenders'. Echale una ojeada a 'Control Manager Extender' -> CTRLMRG.HLP
De todos modos, si la función no se encuentra disponible desde el mismo WinBatch puedes hacer uso de:
sendmessage o postmessage
y así utilizar la función API que necesites.
Espero que te haya servido.
Saludos,
Eusebio
http://www.terra.es/personal5/lirxmiyx/