Windows 2000 - archivo imborrable

Hola, tengo un problema un poco raro. Instalo en mi equipo con Windows'2000 Professional el servidor Tomcat 4.0.1 y al arrancar este servidor de aplicaciones que nada más instalarlo me funciona perfectamente pero, por no se que razón pasado un tiempo me falla, me da una lifecycleException. Luego, decido borrarlo todo para reinstalarlo, y al principio no me deja hasta pasados unos días.
¿Alguien sabe por qué me deja de funcionar el Tomcat?(Tiene que estar relacionado con el Sistema Operativo)
¿Por qué no lo puedo borrar inmediatamente?(Me dice que existe una infracción al compartir no se que archivo, aunque luego no toco nada y me deja borrarlo)