Windows 2000 - win2000 y win98

Tengo una sola particion con W2000 todo funcionaba correctamente.
Ahora despues de arrancar con disco de inicio he instalado W98 en la misma particion.
Lo que sucede es que siempre se inicia el W98, y quiero que utilize el boot para que me pregunte cual sistema quiero iniciar.
Nota: modifico el boot.ini pero no me reconoce los cambios.
Parece como si el boot no se ejecutara.

Instalar w2k y win98 en una misma partición da muxos quebraderos de cabeza. Aunke no es imposible...Lo ideal es crear dos particiones de las k como mínimo la pricipal sea FAT. Una vez creadas, instala primero Win98 y después w2k. Ya que si se hace al revés win98 maxaca el inicio, mientras que haciéndolo como te digo w2k te configurará un menú de inicio. Para que lo entiendas mejor te aconsejo leas el siguiente documento: http://mx.geocities.com/antrahxg/bajar/vso.zip