RE:no se si entendi la cuestion pero..
Formatear sin borrar - imposible, si lo que quieres es copiar archivos sin tener windows instalado tendrias que usar los comandos de ms-dos una vez que hayas arrancado con el disquete, si estamos hablando de que son archivos pequeños los puedes copiar a disquets, pero si son demasiados archivos lo mejor seria poner ese disco duro en otra pc (como esclavo) y copiar ahi a otro disco duro antes de que formatees el tuyo, para copiar desde ms-dos se utiliza el comando copy, ejemplo:
COPY C:\DOCS\*.* A:\
copiar todos los archivos de la carpeta DOCS en la unidad C a la unidad A
se usan los comodines que son "*" Y "?" asterisco significa cualquier nombre y si lo usas en la extension del nombre del archivo significa cualquier extension, es decir que todos se copiarian, solo hay que tener en cuenta que en ms-dos no existe nombres largos asi que usa el simbolo ~ este simbolo lo puedes sacar manteniendo pulsada la tecla Alt y digitas el numero 126, sueltas y aparece, tambien necesitas moverte en los directorios con
CD..
para salir al siguiente nivel
CD NOMBRECARPETA
para entrar en la carpeta x
para copiar una carpeta entera es lo mismo, solo especificas el nombre de la carpeta sin niguna extension y especificas a donde la vas a mover igual que en el ejmplo