Si la particion de Win2000 es NTFS si, aunque no aparecera Win98 en el menu de inicio de Win2000 (tendras que ejecutar Fdisk y marcar activa la particion de Win98 para ejecutarlo, cada vez que quieras utilizar Win98).
Te recomiendo que instales primero Win98 sobre una particion Fat32, y despues Win2000 sobre una particion NTFS, para que de esta manera Win2000 detecta la particion de Win98 y aparesca en el menu de inicio.
