yo uso 98se y hago un truco que me funciona perfectamente, instalo todas ls aplicaciones que quiero y una vez terminado hao vistos todos los archivos, después hago una copia de la carpeta c:\windows en c:\windows.000 y, a veces, también lo hago con la carpeta Archivos de programa, aunque está da un poco de problema, pues cuando el windows me da problemas, arrnaco en modo DOS y renombro las carpetas, es decir, la windows le llamo windows.vie y la windows.000 en windows y reinicio, al reiniciar tengo el windows tal y como lo tenía cuando hice la copia, aunque haya instalado y desisnstalado miles de programas en la copia no están y por tanto las librerías dinámicas dll no están en la carpeta windows ni windows\system y queda el windows perfectamente límpio de todas las librerías que no me hacen falta por haber desinstalado algunos programas.
¿me entiendes? si quieres algo escríbeme.
Saludos