Windows 95/98 - Icono en el reloj

Me gustaria saber si se puede quitar el icono que se crea en la barra del reloj sin que el programa deje de estar funcionando.

Si te refieres a un icono de algun programa instalado, algunos programas traen por ahi alguna opciòn en opciones o configuraciòn para no mostrar su icono en la barra del reloj, si no la tiene pues no habra forma de quitarlo miestras este funcionando ese programa, ahora que si lo que quieres es que no este ahi y solo correrlo desde otro acceso directo ve a Inicio-Ejecutar y escribe: msconfig , se abre un programilla, escoge la ficha Inicio y desactiva la linea relacionada a dicho programa para que ya no aparesca ahi cada que se arranca la maquina.