Primero, haz copia de seguridad de lo que consideres oportuno, no se te vaya a corromper la FAT.
Luego vete a mi PC y ejecuta la comprobación de errores de disco desde las propiedades de la unidad correspondiente y marca la casilla 'Comprobar y arreglar sectores defectuosos', para que lo marque cómo no válido.
Saludos,
Javi.