Por defecto, la carpeta para ejecutar los scripts de inicio es \\servidor\netlogon . Mediante el interfaz de comandos haz un 'net view \\servidor' para ver si ya está creado el recurso.
Esta carpeta se corresponde con (imaginando que en el servidor NT está en la unidad C:\) C:\winnt\system32\repl\Imports\Scripts\ , así que es en esa carpeta dónde tienes que crear un archivo loquesea.bat .
El archivo .bat es más o menos standard.....para lo que quieres quedaría así (cómo lo haría yo):
NET USE Y: \\SERVIDOR\CARPETA_SERVIDOR_DE_LA_APLICACION
ECHO COPIANDO ARCHIVOS DEL SERVIDOR
XCOPY Y:\*.* /S C:\CARPETA_LOCAL_DE_LA_APLICACION
NET USE Y: /DEL
ECHO COPIA FINALIZADA
Grabas el archivo. Luego vas al administrador de usuarios en el servidor (suponiendo que tus usuarios se autentifiquen en él). Vas a las propiedades del usuario. Pulsas el botón 'Perfil' y en el campo 'Archivo de comandos del inicio de sesión' escribes la ruta hacia el archivo .bat que has creado.
Bueno, creo que no me dejo nada. Si tienes dudas me las comentas.
Saludos,
Javi.