Hay varias diferencias.....
Por un lado Windows 98 es un sistema operativo basado en MS-DOS, mientras que NT tiene su núcleo y estructura de código propias...disponiendo para compatibilidad de un emulador de aplicaciones de 16 bits.
Windows 98 es un sistema diseñado para uso 'personal' con funciones opcionales de red. NT está diseñado para trabajar en grupo en un entorno corporativo.
NT tiene su sistema de archivos propio (NTFS) con el objeto de mejorar los permisos y la seguridad, mientras que Windows 98 utiliza FAT32.
En cuanto a multimedia y hardware....NT sacrifica su aspecto multimedia para ofrecer un mejor rendimiento. Tal vez la mayor diferencia en este caso sea la no compatiblidad de NT con dispositivos USB (que no es poco).
Bueno, hay muchas más...pero básicamente esas son las mas importantes.
Saludos,
Javi.