Windows Server - Archivos de programa y Windows vacías!!

Buenas tardes, estoy algo atormentado. Espero que podáis ayudarme.
Tengo un servidor con Windows Server 2003. De repente dejó de funcionar. Me da el error de que "windows no puede iniciar porque no encuentra el archivo config\system" y empecé a hacer pruebas con discos live (pilitos, ubuntu...).

Cuál es mi sorpresa cuando descubro a través de varios de ellos que no hay archivos en las carpetas Archivos de Programa, y en la de Windows! Parece que se ha volatilizado todo!!

El resto de carpetas siguen intactas.
¿Alguien sabe a qué puede deberse esto? ¿Puedo solucionarlo?

De estas carpetas no tengo copia de seguridad, y en la de Archivos de Programa tenía software instalado con información muy importante...

Ayuda por favor!