Windows Server - Reparar Windows Server 2012 R2

Buenas, necesito una orientación sobre una situación que tengo, yo tengo un servidor de windows server 2012 r2, es un servidor donde corren todas mis aplicaciones y mi base de datos SQL 2012. El problema mio viene porque instale un antimalware Malwarebytes parece que detecto algun malware y frizo el server, entonces se reinicio el servidor y se queda en una pantalla negra. En el menu cuando booteo avanzado que le doy f8, solo sube en la opcion Modo de restauración de servicios de directorio (directory services restore mode) , la pregunta es la siguiente como reparo mi sistema operativo sin afectar mis aplicaciones o cual seria la solucion para no perder mis datos. No soy muy experto en restauraciones . Gracias de Antemano.

Nota: Cuando el servidor esta en el ambiente de (directory services restore mode), me funcionan todas las aplicaciones pero tengo que reinciar la mayoria de servicios para que funcionen ellas pero hay otros que no piuedo reiniciarlo en ese modo.

Habrá borrado el Malwarebytes algo importante. Usa el programa DISM para arreglarlo.

como se usa el dism para reparar?