Windows Server - Dudas con compatibilidad FAT32 NTFS

Tengo la siguiente duda : Tengo un equipo servidor con Small Businnes Server 2000 y con sistema de archivos NTFS como primer disco maestro en el ide0 y quisiera colocar un disco con windows98 como segundo maestro en el ide1, con la finalidad de traspasar informacion de un disco a otro, pero me han dicho que dado el formato de los sistemas archivos o la incompatililidad de los S.O. esto podria ocasionar algun daño. Es esto verdad ?

Me agradaria me dieran cualquier antecedente al respecto, asi como saber si esto ocurre por la diferencia del sistema archivos (NTFS y FAT32) y que si en el caso del que el Small Businnes Server 2000 estuviera en FAT32 no ocurriria tal problema.

Desde ya les agradezco cualquier ayuda y que tengan un feliz 2004

Si puedes conectarlo, y traspasar informacion. El unico problema que tendrias, es que se perderian los privilegios de las carpetas y archivos, ya que Fat32 no maneja las caracteristicas de seguridad de Ntfs