Windows Server - CGI sobre 2003 server

Necesito publicar un sitio hecho con CGI e ISAPI en un servidor Windows 2003 pero no me corren los scripts aunque configuro el directorio con los permisos requeridos para ello (al menos eso creo). Me parece que es por razones de seguridad que no permite la ejecucion de .exe en el sitio, aun asi tiene que haber forma de hacer correr esos scripts.

Por favor necesito un norte