Windows Server - Fallo POP3 en Dominio W2003

Hola, he puesto los equipos en Dominio , con la IP del servidor como DNS primario, porque segun otros POST del Foro, me tardaba mucho en logarse un equipo en dominio, asi va de maravilla, pero el problema es que aletoriamente, en distintas maquinas, al comprobar correo tarda mucho y da error. El server W2003 SBS solo es una maquina de Datos, en DHCP esta en un router CISCO y las DNS son de ONO, no estan configuradas en las maquinas. Que tipo de configuracion puedo poner para que todo me funcione bien, una configuracion de DNS, WINS o similar.
Gracias.