puedes hacer eso... y windows XP se instalara ensima de Windows 98, pero no es recomendable... ademas, no estoy seguro, pero creo que se borraran los archivos que tengas en la carpeta de "Mis Documentos" y la carpeta de "Windows" se pasara a Windows.OLD o algo asi... pero la de mis documentos si la pierdes,
ademas no es recomendable por que windows XP usa un sistema de archivos diferente al de Windows 98 por lo que no funcionara optimamente... por eso sugiero recuperar todo lo que quieras en otro disco duro luego formatear tu disco duro e instalar XP solo
Suerte
Saludos