Windows XP - Comprobaciond e archivos Fat en windowx xp

Hola a todos , bueno tengo una pregunta , trabajo administrando un ciber , mi consulta es k cuando arranco la pc siempre me muestra un mensaje , como un sandisk y m solicita si deseo comprobar o no los archivos FAT 32 tanto en C como en D, kisiera saber xk pasa eso ???, si antes no aparecia, ya ahora tengo ese mismo problem en dos makinas mas , les agradeceria si pudieran solucionar mi duda.

Existe algún problema en pasarlos a NTFS? Se tienen siertas ventajas así, de esa otra forma