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El windows no puede codificar archivos, necesitas un programa para hacerlo prueba a buscar por ahi programas "para encriptar archivos" hay muchos, pero acuerdate que luego para abrir el archivo necesitas tener el programa instalado.
Que tipo de archivo es, si es word o excel dale la opcion guardar como y en la ventana que se habre dale herramientas y opciones generales y en los ultimos campos esta la contraseña, si es otro tipo de archivo lo comprimes con el winzip y le suministras la contraseña o con un encriptador de archivos, siempre antes de trabajar has una backup de tu archivo y trabaja el otro cuando estes conforme borra la backup