Windows XP - Follon de discos y sistemas operativos

Debido a que al arrancar el PC me hacía mucho ruido, supuse que el disco duro C: estaría dañado. Tengo tres discos duros, C:, D: y E: instalé el sistema operativo Windows XP en el disco E: para poder formatear C: y comprobar el estado del disco. AL querer formatearlo a través de Windows, este no me dejó, luego ya me enteré que con el sistema operativo no se puede, por lo que automáticamente se me creó un menu para acceder a uno o a otro, (que son el mismo Windows XP). Al cabo de unos dias, comprobé que al arrancar ya no hacía ruido, por lo que suspuse que el disco quizá no estaba dañado, por lo que, por diversos problemas; apertura y cierre anormal de programas, mal visionado de videos, lentitud exagerada etc., decidí volver a instalar Windows XP en C: (con el consiguiente formateo). Así lo he hecho, pero ahora quiero desinstalar el sistema operativo de E: y no sé como hacerlo. Agradeceré cualquier ayuda, gracias.