Windows - W98 y W2000

Tengo una sola particion con W2000 todo funcionaba correctamente.
Ahora despues de arrancar con disco de inicio he instalado W98 en la misma particion.
Lo que sucede es que siempre se inicia el W98, y quiero que utilize el boot para que me pregunte cual sistema quiero iniciar.
Nota: modifico el boot.ini pero no me reconoce los cambios.
Parece como si el boot no se ejecutara.

Coooommmooo!!!!, a ver si entendí, instalaste Win98 en la misma partición que antes estaba Win2000 y esperas poder elejir entre el nuevo sistema operativo y el antigo??? NO WAY, Win98 ya planchó al 2000, no hay forma de que puedas hacer lo que pides. Puedes modificar el boot.ini todo lo que quieras, Win98 nunca lo lee.

Hola Diego:

No te ofendas pero siento decirte que yo tengo tres equipos los cuales despues de tener instalado W2000 instale W98 en la misma particion y todo funciona correctamente, se inicia el bott.ini y puedo arrancar con el sistema que deseo.
Lo que ocurre es que ahora he formateado un equipo y no recuerdo como lo hice, pero los instale en el directorio Windows.98

De ninguna manera, en la MISMA partición, imposible.