Windows - Lentitud de Windows después de Disco Duro

He colocado un disco duro de 40GB en mi ordenador, P4 de 1.8GHz y 512MB RAM PC133 y Windows 2000 Server, además mantengo el disco anterior 15GB, el primero es UDMA 100 y el segundo es UDMA 66, sin embargo, tengo el caso que cuando abro el explorador de windows se lerdea como si leyera de un dispositivo paralelo (ZIP, QUEMADOR, SCANNER, ...)

Esta es una estación de desarrollo para .NET, Java, Visual Studio 6 y Delphi con SQL Server y Oracle 9i como Bases de Datos principales, y el disco era para instalar también Linux, con el cual no tengo ningún problema para leer o escribir el disco.

Si alguien sabe qué puede pasar y decirlo, se lo agradeceré un mundo entero.

Prueba dejando cada disco en una controladora diferente, por ejemplo el de 40 como Primary Master y el de 15 como Secondary Master y cuentame cómo te fué.