XML - Problema con Java, mysql y XML

Hola, espero que alguien pueda ayudarme con el siguiente problema:
Tengo un programa en Java que mediante Runtime.getRuntime(....... me ejecuta un script (sh en Linux). Este script lo que hace es mediante el comando: mysql -X -e .... genera un XML
Bien , hasta ahi todo bien. El problema surge cuando voy a recuperar este XML desde un XSL para mostrarlo. Ya que no lo toma. Tengo que abrir a mano yo el XML hacer algo, deshacer (queda todo exactamante igual a como estaba ) y guardar. Y recien ahi lo toma.
Alguien tiene idea de a que se puede deber esto ?? Gracias