RE:¿Cómo cobrar por tarjeta?
Para realizar los pagos/cobros por tarjeta es indiferente que seas autónomo o no. No obstante debes entender que al realizar una actividad económica deberás cumplir los requisitos legales del país en que te encuentres, entre ellos pagar los impuestos que te conciernen.
Un inicio es habilitar un software que permita el pago online (OsComerce por ejemplo) y solicitar a tu entidad bancaria que te habilite un tpv virtual (si no eres empresa puede que no te lo permitan puesto que no tienes identificación fiscal ni actividad económica reconocida).
Una vez obtenido ésto tendrás que desarrollar las pasarelas de pago (entre tu soft y el soft del anco) o bien ver que paarelas hay ya desarroladas.
Otra opción es la de darted e alta en servivios de pago tipo paypal.
Espero que esta información te resulte de utilidad.
De todas formas, y aunque resulte offtopic te sugiero que regularices tu situación fiscal. El comercio online debe prestar las mismas garantías que el físico. Los clientes tienen derecho a recibir una atención de calidad, responsable, y con garantías.