ASP.NET - Error con MsgBox en servidor

Hola amigos, he publicado mi aplicacion en el servidor y todo funciona
perfectamente hasta que intento mostrar un MsgBox para pedir la confirmacion
del usuario. Dicho MsgBox es de tipo yes/no. El caso es que cuando se tiene
que mostar el MsgBox me sale este error:

Showing a modal dialog box or form when the application is not running in
UserInteractive mode is not a valid operation. Specify the
ServiceNotification or DefaultDesktopOnly style to display a notification
from a service application.

Me gustaria saber que tengo que hacer para poder mostrar los MsgBox en el
servidor, ya que en mi Pc se ejecuta perfectamente.

PD: He buscado enla ayuda de MSDN sobre UserInteractive mode, peor solo me
da una ayuda para saber si el modo es verdadero o falso, pero no dice nada de
como cambiarlo.

Saludos y muchas gracias.

El MsgBox solo funciona en aplicacion Windows y no en aplicaciones Web. Tienes que rescribirlo en Javascript

Hola Yamil, gracias por la respuesta. El caso es que el javascript que he usado era con HTML, es decir estatico, y no se como generar javascript dinamico en mi aplicacion. Buscando por ahi me he encrontrado con unas paginas que hablan sobre ClientScript, pero he probado eso y algo debo de hacer mal porque no me sale ningun mensaje de confirmacion. te dejo el codigo por si sabes que esta mal:

Codigo para registrar el script desde .aspx.vb
***************************************************
Private Sub RegisterScript()
Dim script As New StringBuilder

script.Append("<script type=""text/javascript"">")
script.Append("function confirmation() {")
script.Append("var(answer = confirm(""Are you sure you want to send
an email to the passengers of " & DDLRoute.SelectedValue & " going out on " &
Calendar.SelectedDate & " at " & DDLSailingTime.SelectedValue & "?))")
script.Append("if (answer){")
script.Append("SendEMail}}}")
Me.Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Me.GetType(),
"Confirmation", script.ToString)

End Sub
***************************************************

Codigo para ejecutar el script en la pagina .aspx:
***************************************************
<asp:Button ID="BtnSend" runat="server" Text="Send" Visible="False"
OnClientClick="Confirmation" />
***************************************************

Un saludo y gracias de nuevo

Uso una clase static que llame Webutils con metodos que llamos desde las paginas cuando quiero mostrar un mensaje usando Javascript. En codigo seria algo como

/// <summary>
///
/// </summary>
/// <param name="p"></param>
/// <param name="message"></param>
public static void MessageBox(Page p, string message)
{
message = message.Replace("'", @"\'");
message = message.Replace("\"", @"\" + '"');

StringBuilder sb = new StringBuilder(512);
sb.Append("<script language='JavaScript'>");
sb.Append("alert('").Append(message).Append("');");
sb.Append("</script>");

p.RegisterStartupScript("ShowMessage", sb.ToString());
}

Desde la pagina aspx solo haces

WebUtils.MessageBox(this, "Hola");

Hola muchas gracias por tu ayuda.

Ya tengo esos cuadros de confirmacion funcionando

Yamil por favor ayudame con algo, este control funciona muy bien cuando no uso ajax si lo trato de implementar con ajax no funciona, me podria decir porque pasa esto y cual seria la solución, gracias.