Hola, haber, si lo que quieres es que cuando cargue windows, se abra tambien tu aplicación (la cierras y estas otravez en windows) coloca un acceso directo a tu aplicacion en el menu Inicio\inicio y listo....
Pero si lo que quieres es cambiar la shell de windows, es decir se cargara windows pero solo se podra utilizar tu aplicacion. (a no ser de que desde tu programa se pueda abrir word, excel, etc). debes ejecutar "MSCONFIG" y cambiar la ruta del boot de windows; es decir: cuando arranca windows ejecuta: EXPLORER.EXE lo que debes hacer es cambiarlo por la ruta y nombres de tu aplicacion. Espero sea obvio que puede ser peligroso si no sabes utilizar el msconfig... te podes cag... el sistema. solo hazlo con cuidado.... ESO SI SE VE EXPECTACULAR.. espero te sirva. sinom, escribem y te explico mejor.ç
CAMILO