Apache - Directorio protegido?

Hola amigos, tengo una duda, en un siito hicimos un admin con php y mi jefe me pidio haga el directorio seguro (use cpanel y le puse user y password, estimo que esto escribe el htaccess).Ahora bien , tanto el front end como ese modulo de administracion usan un archivo include de conexion a base de datos que esta en ese modulo administrador.
Por esto el jefe me pregunta si es realmente tan seguro ese modulo protegido ya que esta dejando que tome los datos desde ese include. Hay alguna forma de trabar esto?
Saludos!!
tico