Las funciones y comandos son las mismas que usas en clipper, pero si quieres revisar las mejoras que vienen con harbour, inscribete en este link para que puedas accesar a la documentacion en linea.
http://www.xharbour.com/xhdn/referenceguide/
si lo que quieres es un manual de como empezar a compilar tus aplicaciones, te recomiendo trabajar con xEdit para evitar los comandos en linea y que revises el siguiente blog.
http://objetopersistente.blogspot.com/2008/05/de-clipper-x-harbour-con-xedit.html
aqui estan las instrucciones paso a paso.
Saludos.