RE:Compatibilidad de las capas, si pero...
Entiendo que quieres ajustar la tabla al tamaño de tu pelicula swf, su pogamos que esta tiene un tamaño de 100x70 deberas ajustar en el inspector de propiedades de tabla, para asegurarte que estas seleccionando la tabla adecuadamente deberas posicionarte dentro de la tabla (cualquier celda), y en el la barra de estado (izquierda abajo) seleccionas la etiqueta <table> y en las propiedades w insertas la cantidad que quieras digamos 102 y en la h 72 digamos para hacer algo como un borde, el codigo quedaria asi, de ahi solo te resta jugarle con las demas propiedades.
Si te refieres a al margen que te da ventana del browser ajusta las propiedades de la pagina (modify -> page properties) ajustando los valores left margin y top margin.
Ejemplo:
<body leftmargin="0" topmargin="0">
Se soluciono?, publica la pagina y dame el url a ver que podemos hacer!!
Suerte!!