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Los servlets son objetos que corren dentro del contexto de un servidor de aplicaciones, y los Enterprise JavaBeans son una de las API que forman parte del estandar de construcción de aplicaciones empresariales J2EE de Sun Microsystems.
No tiene nada que ver el uno con el otro.
Aparte del tomcat para desarrollo de aplicaciones empresariales de gran porte podes usar el JBoss.
Los Servlets son objetos que se ejecutan en el Contenedor Web.
Los EJBs se ejecutan en el Contenedor de EJBs.
Están en diferentes capas de la aplicación y cumplen objetivos diferentes.
Los servlets son objetos que reciben y procesan peticiones HTTP, nada más. Forman parte de la capa de presentación y distribuyen y ejecutan las peticiones de los clientes web.
Los EJBs están en la capa de negocio y representan conceptos de negocio de la aplicación. Hay de varios tipos pero en general tienen una relación o bien con los datos (entidades) o bien con los procesos (sesiones) del negocio.