... es difícil dar una respuesta. Sobre todo porque hay muchas cosas "onBoard".
Sin embargo, no creo que cambie mucho; vamos con un poco de teoría:
Internamente, la CPU decodifica el acceso a un port y pone en "0" la línea que indica a la circuitería que el proximo acceso se hace a un puerto de E/S.
Los datos se envian en la parte baja del bus de datos y la dirección en los 16 bits más bajos del bus de direcciones. Los dispositivos "saben" a qué direcciones están conectados (obviamente es algo un poco más complicado, en realidad los ports son fijos y los dispositivos, generalmente, ocupan direcciones consecutivas, etc...) y mediante un decodificador (en el dispositivo) se identifica a quién fue el llamado.
Digo esto por lo siguiente: es complicado que el mapeo sea directamente en el bus de direcciones, ello requeriría que cada slot en la mother tuviese un rango de direcciones disponibles, sin embargo una placa de video la podes conectar en cualquier slot y no pasa nada.
Lo que hace la BIOS y los programas de inicialización del kernel del sistema operativo es una detección de dispositivos conectados.
Espero que esto sea cierto (suena lógico, no?) y que no te cause problemas...
Recordá que hay espacios de direcciones de E/S reservados para usos específicos (3F8, 2F8, 3C8, 3C9, 3DA, etc...)