Hola, prueba con
SELECT DISTINCT <lista de campos separados por coma o * si los quieres todos> FROM DBF() INTO TABLE <nombre del archivo al que quieres copiar los datos>
puedes reemplazar DBF() con el nombre de la tabla de origen de los datos si no está abierta en el área seleccionada actual.
También haría lo que te sugiere Marco Aurelio pero creando un índice único en la tabla de origen con INDEX ON <expresión de índice> UNIQUE, luego copiar y eliminar el índice, pero creo que el método anterior es mejor.