HTML - Sustituir hipervínculos en un texto epub

Hola.
No soy experto y estoy poco familiarizado con el lenguaje html. Utilizo Calibre para modificar un texto epub que está muy anotado, es decir, tiene muchas secuencias del tipo <a href="../Text/notas1.4.xhtml#nt2" id="rf2">^[2]</a> que remiten mediante hipervínculo a la nota correspondiente. Me gustaría saber si es posible sustituir directamente esas secuencias por el texto al que remiten, de tal manera que desapareciera del texto html toda la secuencia <a></a> y apareciera en cambio el texto de la nota a la que remite cada hipervínculo. O sea: quiero incorporar el texto de las notas directamente en el texto principal, eliminando los hipervínculos. Hacerlo manualmente es casi imposible, pues el texto tiene más de 5.000 notas.
Gracias.

Hola Manuel, no me queda muy claro como queda el reemplazo...

El link es similar a este:

y cual es el resultado que quieres?

Quiero que en el texto html del epub que estoy modificando cada link con un hipervínculo sea sustituido por el texto al cual remite. Por ejemplo:
una línea del epub: Platón alega con frecuencia este gran precepto: "Haz lo tuyo y conócete a ti mismo"[2] (donde 2 es una nota mediante hipervínculo que remite a la siguiente referencia: Platón: "Timeo", 72a).

texto html: <p>Platón alega con frecuencia este gran precepto: «Haz lo tuyo y conócete a ti mismo».<a href="../Text/notas1.3.xhtml#nt2" id="rf2">^[2]</a></p>

Yo quiero que el texto html quede: <p>Platón alega con frecuencia este gran precepto: «Haz lo tuyo y conócete a ti mismo». Platón: "Timeo", 72a</p>

Es decir: quiero sustituir cada secuencia de hipervínculo <a href>...</a> por el texto vinculado correspondiente. Ya sé que puedo hacerlo manualmente uno a uno; pero como son más de 5.000 hipervínculos en el texto completo, me gustaría saber si hay algún procedimiento para hacer esa sustitución de forma masiva.

Lo siento Manuel, pero no sabría decirte como hacerlo...