JQuery - Destacar enlaces de header según hago Scroll

Buenas tardes:

A ver si me podéis ayudar. El tema es que estoy diseñando una web íntegramente con SublimeText y el tema es que tengo un Header con un UL y este a su vez varios LI que son enlaces <a>. En el body tengo varios SECTION y cada uno corresponde a un LI. Así, cuando pulso un LI, gracias a ScroolTo la página hace Scroll hasta la sección correspondiente y mediante JQuery haré que a ese LI se le agregue una class que lo resalte para que el usuario sepa que está viendo esa parte de la web. Hasta ahí no tengo problema.
El tema es que si yo hago Scroll manualmente, quiero que esa class que destaca el LI se le aplique al LI que corresponda con el SECTION que estoy visualizando y le desaparezca al resto. Ya que conforme lo tengo ahora se queda marcado el LI al que he pinchado pero haciendo scroll manualmente ya no coincide con el SECTION que el usuario está visualizando...

Muchas gracias

Al final tras mucho comerme la cabeza y buscar y buscar... he conseguido hacerlo con waypoints que es justo lo que quería hacer pero no sabía como se llamaba. Ahora el problema es que funciona cuando bajo el Scroll pero no cuando lo subo.. Pego el código por si me podéis ayudar.
Gracias.