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Para empezar, una clases elementales de Linux. En Linux no se llaman versiones, ¡Se llaman distribuciones!
Depende cual te guste, y con cual te acomodes mas. Desde mi punto de vista, todos tienen sus pros y contras, pero todos pueden funcionar perfectamente como servidores.
Yo utilizo Fedora (antes usaba Red Hat), y me funciona perfecto. Hay quienes utilizan Mandrake, Suse, etc., y tambien les funcionan bien.