system("clear") puede suponer un problema de seguridad... usa la rula absoluta a los binarios SIEMPRE.
Por otro lado la libreria libncurses te apoya con funciones para mover el cursor, borrar la pantalla, escribir en una posicion determinada, etc etc. Usa las man para aprender a usa la libncurses, #include ncurses.h y gcc -lcurses :)