No entiendo que tiene que ver recuperar las contraseñas con que hayas sobreescrito el cargador de arranque de linux con el de windows... pero bueno, aqui va una soluccion que te servira para ambas cosas:
Primero entra con una live y monta tu particion linux, bien, ahora trabajemos sobre esto.
Podemos sobreescribir el archivo de contraseñas /etc/passwd con el de la live (quiero decir, agregar un usuario normal en la live y cambiar la contraseña de root y luego mv /etc/passwd /ruta/a/tu/particion/linux/etc/passwd) o mejor, chrootear en la particion de linux, instalar el gestor de particiones que sea (pongamos que la live es ubuntu, seria algo asi como sudo "chroot /ruta/a/tu/particion " y ahora passwd pones las nuevas contraseñas y escribes grub-install <dispositivo>
