Matlab - Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

   
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Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

Publicado por Juan Pablo Gutierrez (2 intervenciones) el 15/12/2011 15:17:59
Saludos, compañeros.
Mi nombre es Juan Pablo Gutierrez, tengo muy poca experiencia con MatLab y necesito hacer lo siguiente:

tengo una secuencia de letras en un archivo de texto. Algosi como:

GGLYEWVKGDVOPMBSHTBFDSGBJHIJHBJYVBGFSDGJKHGLlOIUAEWQDFXHVOIHJLJKGFDSW...etc, etc. más o menos unas 1760.

Resulta que acada letra debo asignarle un valor númerico digamos G=1.0256, L=0.0128 y asi sucesivamente.

Luego necesito un programa que lea el archivo de texto y me arme una serie de tiempo con los valores que le he asignado a cada letra.

¿cómo podría hacer esto?
Cualquier tipo de información será de mucha ayuda.
De antemano mil gracias a todos.
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Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

Publicado por JOSE JEREMIAS CABALLERO jjcc94@hotmail.com (3435 intervenciones) el 17/12/2011 01:07:33
hola Juan.

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clear all; clc
%importo el archivo cuyo contenido son las letras GGLYEWVKGDVOPMBS
a=importdata('serie_de_tiempo.txt');
b=cell2mat(a);
n=length(b);
 
%Creo archivos de la forma G=1.0256, L=0.0128 
fid=fopen('serie_de_tiempo1.txt','w');
for j=1:n
    fprintf(fid,'%s=%f\n',b(j),rand);
end
fclose(fid);
 
%extraigo los numeros de los datos G=1.0256, L=0.0128 
b=importdata('serie_de_tiempo1.txt');
m=cell2mat(b);
for i=1:n
    M(i,1)=str2num(m(i,3:end));
end
display(M)
 
EJECUCION
>> serie_de_tiempo
 
M =
 
    0.1117
    0.1363
    0.6787
    0.4952
    0.1897
    0.4950
    0.1476
    0.0550
    0.8507
    0.5606
    0.9296
    0.6967
    0.5828
    0.8154
    0.8790
    0.9889



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Saludos.
JOSE JEREMIAS CABALLERO
Asesor de Proyectos con Matlab
Profesor de Metodos Numericos con Matlab
PROGRAMADOR EN MATLAB
jjcc94@hotmail.com
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Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

Publicado por Juan Pablo Gutierrez (2 intervenciones) el 17/12/2011 19:23:43
Hola, Jose.
Recien leo tu mensaje. Mil gracias. Voy a correr y a organizar el programa y te cuento como me fue.
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Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

Publicado por Juan Pablo Gutierrez jp_profe@hotmail.com (2 intervenciones) el 06/06/2012 19:40:34
profe los valores para cada aminoácido son estos:

R=3.95
K=2.77
D=3.81
E=2.91
N=1.91
Q=1.30
H=0.64
S=1.24
T=1.00
Y=-1.47
G=0.00
P=-0.99
C=-0.25
A=-0.39
W=-2.13
M=-0.96
F=-2.27
V=-1.30
I=-1.82
L=-1.82
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Necesito armar una serie de tiempo apartir de un archivo.tex

Publicado por Juan Pablo Gutierrez jp_profe@hotmail.com (2 intervenciones) el 06/06/2012 17:46:39
Saludos, Profe Jose.

Profe, que pena después de tanto tiempo pero por motivos ajenos a mi voluntad tuve que dejar esto de lado por un tiempo.

Profe mi inquietud es la siguiente: resulta que los valores que debo asignarle a las letras GGLYEWVKGDVOPMBS... etc son específicos para cada letra. Es decir, si G=0.0256, L=0.0128, Y=0.0127, E=0.0502, W=0.0147, V=0.0256 y la secuencia de letras fuera GGLGYLEWVLV la serie de tiempo fuera:

0.0256
0.0256
0.0128
0.0256
0.0127
0.0128
0.0502
0.0147
0.0256
0.0128
0.0256

O sea que en el lugar de cada letra siempre aparezca el numero que le corresponde.


Profe las letras son aminoácidos, las secuencia de letras es la secuencia de aminoácidos de una proteína. los números son el indice de hidrofobicidad de cada aminoácido. Quiero armar una serie de tiempo a partir de esto para estudiarla secuencia de aminoácidos, midiendo la entropia de la información.

Profe, de antemano mil y mil gracias!!!
que tenga un buen día.
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