Matlab - Usar función guide dentro de un programa

Hola!
Mi problemas viene de utilizar una función guide dentro de un programa. La función guide es sencilla tiene varios Check Box y un Puss Button. El Puss Button lo unico que hace es cerrar la ventana.
Lo que me gustaría es guardar los valores de los check box y al finalizar con el Puss Button se pasen al programa principal.

Por ejemplo:

[...]
% --- Executes on button press in Noise.
function Noise_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject handle to Noise (see GCBO)
% eventdata reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Hint: get(hObject,'Value') returns toggle state of Noise
Noise=get(handles.Noise, 'Value');
guidata(hObject,handles);


% --- Executes on button press in Finalizar.
function Finalizar_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject handle to Finalizar (see GCBO)
% eventdata reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles structure with handles and user data (see GUIDATA)
disp('Configuración OK')
close(gcbf);


Y tendría un programa principal

[...]
uiwait(prueba())

%Y ahora aquí me gustaría tener el valor de Noise. Y así con todos los Check Button.

[...]



Espero que me hayan entendido. Lo simplifiqué para entendernos. Muchas gracias!

Yo lo que he usado para pasar variables de un guide a otro ha sido usar variables globales. Las tienes que definir alli donde las vas a usar. Se pone el nombre de la variable global en un tono azul cuando está definida como variable global.

Ejemplo:

En un guide pones:

global Var1
Var1=handle.Noise

y en el otro guide defines otra vez la variable global y usas tu código

global Var1
Var1= Var1+100 o lo que sea de tu código
espero haber ayudado

Gracias por responder. Lo que yo quiero hacer no es entre dos guide. Yo tengo un programa digamos "normal" en matlab y al comienzo de éste se llama a una función guide para configurar los parámetros que se emplearán en el programa. Por tanto necesito saber el valor de las variables del programa guide para proceder de una forma u otra.
Gracias de nuevo y perdonad porque soy nuevo en guide.
Un saludo!

Nadie me puede resolver esa duda?